Стирает ли обновление прошивки на Ender 3 V2 его предыдущие настройки?

Нет, настройки хранятся в памяти (или в эквивалентном месте хранения).

При загрузке новой прошивки значения, установленные во вновь сконфигурированной прошивке, могут быть установлены с помощью восстановления по умолчанию с принтера Marlin в пользовательском интерфейсе. В качестве альтернативы вы можете распечатать файл G-кода, содержащий M502 и M500, или отправить их с помощью консоли.

М502
Сбросьте все настраиваемые настройки до заводских значений по умолчанию.

Чтобы также сбросить настройки в EEPROM, выполните команду M500.

М500
Сохраните все настраиваемые параметры в EEPROM

Смотрите, как M502 сбросит все настраиваемые настройки до "заводских настроек по умолчанию", какие это настройки? для получения дополнительной информации.

Этот ответ намекает на аналогичное описание:

Установка встроенного ПО сама по себе не изменяет EEPROM, поэтому эти настройки необходимо было ввести в SRAM через M502, а затем сохранить в EEPROM через M500.

Пожалуйста, обратите внимание, что EEPROM на 32-разрядных платах эмулируются. Существует несколько способов эмуляции хранилища EEPROM с помощью флэш-памяти в процессоре ARM или с помощью SD-карты. Существует решение для реального EEPROM, но для этого требуется купить микросхему EEPROM и разъемную плату на разъеме I2C, если у него есть такой выходной порт. Выбор которого производится в конфигурационном файле Configuration_adv.h.